Решенията на Берлинския конгрес предизвикват  бурни протести по всички български земи. Всеобщата радост от извоюваното освобождение е помрачена, българския народ се изправя по пътя на постигане на националния идеал.  В съзнанието на ямболци са твърде пресни спомените за османските жестокости по време на Априлското въстание и войната, поради което те не желаят да се примерят с перспективата Ямбол да остане в пределите на Източна Румелия. Веднага след освобождението в града ни се дислоцира 8-ма Ямболска дружина на Източнорумелийската милиция с командир Стефан Любомски.   Още със самото си създаване изпълнява важна функция за охрана на южната граница с Османската империя   и организирането на съединисткото дело. В подготовката му участие взема гимнастическо стрелково дружество „Юнак”, видни ямболци, като Кирил Козловки, Кръстьо Чешмеджиев.

В очакване на Съединението и в негова защита в ямболския район се дислоцират части на Ямболския отряд, в който влиза 8-ма Ямболска дружина.. В изпълнение на основната  задача за защита на южната  граница с Османската империя  се установяват  в района на Елхово около селата  Срем, Изгрев, Малък Манастир, Лесово. Дейно участие взема  доброволческата чета на дядо Жельо воевода, която влиза в състава на   Търновосейменския отряд разположен на южната граница между Одрин и Търново- Сеймен, които по-късно се прехвърля  на бойните действия около Сливница. За участието си в Сръбско-българската война  дядо Жельо е награден със сребърен медал.
Сред героите за защита на Съединението в Сръбско-българската война е роденият в Ямбол ген. Стилян Ковачев. Командваната от него трета хасковска дружина извършва знаменития форсиран пеши марш от Саранбей /дн.Септември/ до Сливница като изминава 110 км за 37 часа.
 
След Съединението, до началото на XX в., в Ямбол са настанени няколко военни части: IV конен полк, 29-ти пехотен Ямболски полк, железопътна рота и III пионерна дружина. Първата войскова единица, която е  настанена на гарнизон в Ямбол е IV-ти конен полк. Формиран е в София с Указ №9 от 01.02.1889 г. За кратко време полкът е на гарнизон в София и Сливен, а от есента на 1890 г. е преместен в новопостроените казарми в Ямбол, където остава до края на съществуването си.
 
Началото на 29-ти пехотен  Ямболски полк е поставено през 1899 г.. когато в системата на българската  армия са създадени резервни полкове. Един от тях, 5-ти полк, е определен да се формира в Ямбол. През 1903 г. е преобразуван в действуваш и преименуван на 29-ти пехотен Ямболски полк, включващ се във II бригада на 3-а пех. Балканска дивизия. През 1912 г. командир на полка е руският възпитаник полковник Кръстю Златарев, а командир на бригадата –полковник Никола Рибаров. Личният състав на полка се набира от Ямбол и от селата на Ямболска и Елховска околия.

През 1914 г. с указ №39 в Ямбол се формира трета пионерна дружина, която се състои от четири пионерни роти, една телеграфна, една мостова рота и един нестроеви взвод. Включена е в състава на 3-а пех. Балканска дивизия.

На 5 октомври 1912 г. цар Фердинанд издава манифест за обявяване на Балканската война.  „ Нашето миролюбие се изчерпа...За да помогнем на угнетеното християнско население в Турция, никакво друго средство не ни остана, освен да се обърнем към оръжието”.

В началото на военните действие 29-ти пехотен Ямболски полк заема изходни позиции в граничното село Лесово, Елховско, и на 6 октомври преминава границата. На 9 октомври полкът атакува османските позиции при с. Муратчалж, където II бригада се натъква на съпротивата на три османски полка с артилерия, прикриващи връзката между укрепените линии при Одрин и Лозенград. Със стремителна атака ямболци нанасят тежки поражения на османските войски, които са принудени да се оттеглят към Одрин. Сред загиналите във военните действия е командира на I дружина майор Георги Атанасов. В следващите дни 29-ти пехотен Ямболски полк получава задача да охранява пътя за Лозенград с цел да не допуска части от Одрин да се притекат на помощ на османските  войски при Лозенград, което улеснява успехите на 3-а армия при Селиолу, Ескиполос, Петра. На 19 октомври полкът се отправя към Бунархисар, където 3-а армия  води изключително тежки боеве, но докато пристигне  противника претърпява поражение и се оттегля към Чаталджанската позиция на 48 км от столицата Цариград. Османското правителство прави предложение за спиране на действията и сключване на примирие, което цар Фердинанд I отхвърля.

В атаката при Чаталджа 29-ти пехотен Ямболски полк заема позиция до  с. Калфакьой, югозападно от ез.Деркос.  Полкът получава задача да овладее укреплението Илеритабия, след което да завземе укрепленията на главната отбранителна линия Ташларбаир и Казълджатепе. Настъплението ямболци започва на 4 ноември сутринта под прикритието на мъглата, като на  5 през нощта овладяват форта Илеритабия. Силите им се оказват недостатъчни да организират преследване на османските войски, а главното командване не съумява да прехвърли сили за да разшири и затвърди  постигнатия успех. Нещо повече, нашата артилерия късно получила указания, че Илеритабия е превзета от ямболци.
 
Отхвърлените османски войски успяват да се организират от командващия 2-а армия Махмуд Мухтар паша в отбрана и контраатака. Това принуждава ямболци да се оттеглят на  първоначалните  позиции  преди настъплението на 4 ноември.
В хода на Балканската война IV-ти Конен полк воюва срещу  османските войски при Селиолу, Коюн Гяур Кавакли, организира атака при гара Сейдлер и Каристран.  
На 20 ноември 1912 г. балканските съюзници сключват примирие с Османската империя, последвано от преговори. В средата на януари 1913 г. те са прекъснати от новото правителство на Младотурската партия и на 17 януари 1913 г. военните действия са подновени.

На 12 март 29-ти пехотен Ямболски полк получава заповед да атакува Одринската крепост. Ямболци овладяват височините Ески Кумлук –Пачаджилар и се позиционират на следващото било –Халваджибекчели. При настъплението особено се отличават командирът на 7-ма рота капитан Друмев и мл.офицер Руси Димов, които преминават в тила на османските позиции при „Мезар тепе”. Успехът на ямболци дава възможност на артилерията да започне обстрелване по одринските  фортовете.

На 13 март ямболци атакуват форта Илдъзтабия, като с една дружина трябва да подпомогнат 32-ри пехотен Загорски полк за овладяването на Куручешме.. Командващият форта Илдъзтабия не дочаква удара „на нож” и вдига бялото знаме. С овладяването на фортовете ямболци  се насочват към овладяване на форта Топйолу и Каиктабия –последния форт пред Одрин. След близо 8 часов щурм всички укрепления в Източния сектор са овладени. До обяд на 13 март българската армия превзема Одрин. Със своята храброст и решителни действия ямболци завоюват честа да бъдат първата войскова част, която влиза в „непристъпната” Одринска крепост. На тях и техните командири се пада честа да приемат капитулацията на Шукри паша.
 
По заповед генерал Никола Рибаров 11-та рота от полка е изпратена да издигне националния трибагреник на четирите минарета на Султан Селим джамия.  Мл.офицер Михо Стоянов от с.Добрич /на територията на гр.Елхово/ заедно с още трима войници, чиито имена не знаем  издигат националния флаг. Иван Балахуров от същия полк достига щаба на Шукри паша и го задържа до пристигането на гвардейския ескадрон  
Междусъюзническите спорове за разпределение на отвоюваните земи от Османската империя довеждат до започване на Междусъюзническата война.

В нея 29-ти пехотен Ямболският полк заедно 32-ри пехотен Загорски полк и два полка от 10-та пехотна дивизия получават заповед от военното командване да заемат южно позиция от Кукуш . Задачата им е да задържат позицията без да отстъпват. Главният удар на гръцката армия се оказа срещу позициите на 29-ти пехотен Ямболски полк , който получава заповед да отстъпи и да заеме позиция при Демирхисар. Задачата на ямболци е да  защитят  входа на Рупелското  дефиле, за да не бъдат обградени от гръцките войски, които се промъкват  към тила им. На 26 юни измореният от продължителните отбранителни боеве полк е сменен от Драгоманския полк, за да се отправи към нов участък от фронта, тъй като гърците  проникват в долината на р.Струмица и заплашват да излязат към Петрич. На 10 юли получава заповед да отбранява десния бряг на Кресненското дефиле, по линията гара Симитли и връх Видрен. В ожесточените боеве на връх Видрен ямболци не позволяват на гръцкото командване да прехвърли военни части при град Пехчево, което улеснява 6-а дивизия да постави в обкръжение на  Струмската долина гръцките войски на генерал Дамянос. За да избегне унищожаването на армията си гръцкото правителство прави предложение за сключване на мир.

Военните действия на  2-ри и 3-ти ескадрон на IV-ти Конен полк  са насочени да  охраняват линията Мидия-Енос и да прикриват с боеве отстъплението на 47 и 48 пехотни полкове от 3 до 14 юни 1913 г. 1-ви ескадрон е разположен в местността Димотика / дн.Гърция/ , а 4-ти ескадрон е включен в състава на Първа армия за действие срещу сръбските войски по направление Салаш-Ново корито-Кралево село- Княжевец след 23 юни 1913 г.
 
Сключването на Букурещкия мирен договор на 28 юли 1913 г. довежда до демобилизация на ямболския полк. След нея оцелелите войници са сведени в две дружини, защото е безсмислено да се подържа старата структура на полка от 4 дружини и 16 роти. Жертвите от военните действия съставляват повече от 1/3 от състава му, 20 офицери 1597 подоофицери и войници.
 
В Първата световна война 29-ти пехотен Ямболски полк е включен в състава на 3-а пехотна Балканска дивизия. Tя заема позиция в района на Кюстендил и Горна Джумая. Още  със започването на военните действия  полка е отделен от състава на дивизията и получава самостоятелна задача да достигне до Враня и да прекъсне железопътната връзка между Сърбия и Македония. На 10 и 11 октомври към 29-ти пехотен ямболски полк се присъединява  32-ри пехотен Загорски полк с цел да се облекчи настъплението на 1-ва Софийска дивизия и да  настъпи по левия бряг на р.Морава за да излезе в тил на Сурдулица и Лесковац. Задачата е особено трудна поради планинския характер на местността, което налага превземането и атакуването на всеки връх. Ямболци овладяват върховете Китнице, Гран, Калин дея, Кучовица. На 16 ноември 1915 г. ямболци пленяват каляската на сръбския крал Петър, след поражение на сръбските войски край Призрен.
По време на войната  IV-ти Конен полк воюва последователно на Македонския и на Добруджанския фронт. От 1 октомври до 28 ноември 1915 г. е включен в състава на Конната дивизия в боевете на направление Царево село, Кочани и Прилеп. 3-ти и 4-ти ескадрон воюват при Враня. През лятото на 1916 г. IV-ти конен полк е прехвърлен на Добруджанския фронт. Участва в боевете при Топра Хисар в състава на Конната дивизия на генерал Иван Колев. В периода от 1917-1918 г. охранява участъка на р.Дунав от град Тулча на изток до устието на ръкава „Свети Георги”.
 
Трета пионерна дружина участва в боевете на 3-а пехотна Балканска дивизия в местността Дяково ипек в Косово. Нейната задача е да построява и поправя мостове и устройва службата на съобщенията между частите на дивизията и съседните части на I-ва бригада на 7-ма пехотна Рилска дивизия в местността около р.Черна. В началото на 1916 г пионерната дружина се прехвърля с 3-а пехотна Балканска дивизия в Македония. В местността Добро поле, в района на връх Каймакчалан в планината Нидже  пионерна дружина поправя пътища и поддържа телефонните съобщения с щаба на  фронта.

След военните действия в Косово 29-ти пехотен Ямболски полк е разположен в местността Добро поле. В този район съглашенските войски съсредоточават главния си удар. Силите на сръбската Шумадийска дивизия са  хвърлени срещу 32-ри пехотен Загорски полк, a 7-а френска колониална дивизия срещу 29-ти пехотен Ямболски полк. Пробивът на съглашенските войски при Добро поле довежда до подписване  на Солунското примирие на 29 септември 1918 година между Царство България и Антантата, представлявани от Андрей Ляпчев и генерал Луи Франше д'Еспере, за спиране на военните действия помежду им.

След подписването на   Ньойския договор 29-ти пехотен Ямболски полк се разформирова, като от състава му се формира 3-та дружина на 24-ти пехотен Черноморски полк. През 1928 г. се формира отново от състава на 37-ма пехотна Пиринска и 12-а жандармерийска дружина. На 3 октомври 1937 г. полкът получава новото си знаме на маневрите при с. Паламарца.